واحد نایین درراستای نیل به هدف مقدس و والای دانشگاه آزاد اسلامی که ایجاد زمینه و بستر لازم حرکت های پرشتاب علمی، فرهنگی و نگرشی جوانان عزیز این مرز و بوم جهت مصونیت بخشیدن به نظام مقدس اسلامی و باورهای دینی و استقلال فکری و فرهنگی جامعه اسلامی در برابر جریان های انحرافی و تهاجم روز افزون فرهنگی غرب مسلح به فن آوری گسترده، سریع، رنگین و پر جاذبه می باشد، در بیست و ششم آبان ماه سال 1366 تاسیس و با هدف حرکت در مسیر توسعه و تولید دانش در جامعه و تربیت فارغ‌التحصیلان و متخصصانی که به فضائل انسانی، اخلاقی و اسلامی آراسته باشند به کار خود ادامه می دهد.